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En 1770 la Hacienda fue vendida al terrateniente español don Agustín Justo de Medina, quien completó la construcción original, adecuándola y posicionándola como la más refinada de la época.
Durante la Campaña Libertadora de 1819 la casa sirvió como cuartel general después de la Batalla del Pantano de Vargas, cuando El Libertador Simón Bolívar pernoctó allí con su ejército, encontrándose entre ellos, el Coronel de la Legión Británica Jaime Rook, héroe del Pantano de Vargas.
La Hacienda fue adecuada como hospital y cuartel durante las guerras civiles que azotaron a Colombia a finales del siglo XIX e inicios del siglo XX.
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